Novel Alur Novel Siti Nurbaya dibuka dengan pengenalan tokoh utama, Siti Nurbaya, putri saudagar kaya raya Datuk Maringgih. Kehidupan mereka yang mapan di kampung halaman tiba-tiba terguncang. Datuk Maringgih, yang awalnya dihormati, terjerumus dalam gaya hidup boros dan rentenir. Konflik utama muncul ketika ia terjerat hutang besar kepada tengkulak kejam yang licik, yakni Datuk Penghulu yang lebih kuat pengaruhnya di kota. Karena tidak mampu membayar, Datuk Maringgih terpaksa menjual aset berharganya, dan puncaknya adalah terpaksa mengorbankan putrinya, Siti Nurbaya, sebagai jaminan hutang.
Tahap krusial dalam alur novel Siti Nurbaya adalah ketika Siti Nurbaya harus dinikahkan secara paksa dengan Suriati, anak dari Datuk Penghulu, sebagai pelunasan hutang. Siti yang telah bertunangan dengan kekasih sejatinya, Syamsul Bahari (putra saudagar muda yang jujur), harus menanggung beban pengorbanan ini. Di bawah tekanan dan ancaman kekerasan dari ayah dan keluarga mertuanya, Siti menjalani kehidupan pernikahan tanpa cinta, penuh kepedihan, dan kehilangan martabat. Syamsul Bahari, yang mengetahui nasib Siti, merasa sangat terpukul dan berusaha mencari jalan keluar, namun terhalang oleh kekuasaan dan pengaruh Datuk Penghulu.
Setelah melalui masa pernikahan yang menyiksa, alur memasuki fase ketenangan sesaat yang menjadi penanda perubahan besar. Datuk Maringgih meninggal dunia, membebaskan Siti dari ikatan hutang langsung terhadap keluarga Datuk Penghulu. Namun, Siti masih terikat pada janji pernikahan yang cacat hukum tersebut. Di sisi lain, Syamsul Bahari yang sebelumnya tidak berdaya, mulai bangkit. Ia bertekad untuk mengubah nasibnya dan berjuang mendapatkan kembali Siti. Dalam beberapa versi cerita, Syamsul pergi merantau untuk mencari ilmu dan kekayaan agar ia setara dengan posisi Datuk Penghulu.
Klimaks cerita adalah momen ketika Syamsul kembali dengan status sosial dan ekonomi yang jauh lebih baik. Ia tidak hanya datang untuk merebut kembali cintanya, tetapi juga untuk menghadapi para penindas yang telah merenggut kebahagiaan keluarganya dan keluarga Siti. Di sini, alur novel Siti Nurbaya menunjukkan pertarungan antara kebaikan yang gigih melawan kejahatan yang mapan. Syamsul menggunakan kecerdasan dan sumber daya yang ia miliki untuk menjatuhkan Datuk Penghulu dari segi ekonomi dan kekuasaan. Puncak ketegangan adalah ketika kejahatan Datuk Penghulu terbongkar di hadapan publik atau otoritas hukum, membebaskan Siti secara total.
Sebagai resolusi, setelah semua konflik terselesaikan dan keadilan ditegakkan, Siti Nurbaya dan Syamsul Bahari bersatu kembali. Mereka menikah tanpa paksaan, membangun kehidupan baru yang didasari cinta sejati dan kejujuran. Novel ini berakhir dengan kemenangan moralitas atas keserakahan dan otoritarianisme. Secara keseluruhan, alur novel Siti Nurbaya ini adalah kisah klasik tentang perjuangan mempertahankan kehormatan dan cinta di tengah struktur sosial yang menindas, menjadikannya salah satu karya sastra penting Indonesia. Alur ini sangat jelas memisahkan antara tokoh baik (Siti dan Syamsul) dan tokoh antagonis (Datuk Maringgih/Datuk Penghulu).